Unter Quellen-TKÜ versteht man das Überwachen von Telefongesprächen, die nicht über das klassische Telefon- oder Mobilfunknetz, sondern IP-basiert geführt werden (z.B. über Skype). Bei diesen Gesprächen wird häufig Ende-zu-Ende-Verschlüsselung eingesetzt, so dass ein Mitschnitt des übermittelten Datenstroms für Angreifer nutzlos ist. Die Quellen-TKÜ setzt daher am Endgerät selbst an und zweigt den Datenstrom noch vor der Verschlüsselung (bzw. nach der Entschlüsselung) ab. In Deutschland steht den Sicherheitsbehörden für die Quellen-TKÜ unter anderem eine durch das Bundeskriminalamt entwickelte Software zur Verfügung (sog. „kleiner“ Bundestrojaner).